Der Bereich des Behördlichen Datenschutzbeauftragten ist an der HU organisatorisch auf Leitungsebene verankert. Er ist als selbständige Stabsstelle dem Präsidialbereich der Humboldt-Universität zugeordnet und organisatorisch der Leiterin des PB zugeordnet.
In seiner inhaltlichen Beurteilung von Datenschutzangelegenheiten ist der Datenschutzbeauftragte jedoch weisungsfrei. Das bedeutet, dass er nicht angewiesen werden kann, ob oder wie er Sachverhalte prüft oder gar beurteilt. Er hat vielmehr frei und allein nach dem Gesetz zu beurteilen. Diese fachliche Weisungsfreiheit ist gesetzlich festgelegt. Die Weisungsfreiheit zudem durch ein sog. Benachteiligungsverbot abgesichert, welches auch mittelbare Einflussnahmen auf die inhaltliche Tätigkeit des behDSB untersagt. Zudem besteht ein gesonderter Kündigungsschutz.