Der CMS ist in vier Abteilungen, den Bereich Helpdesk und Beratung, den Stab sowie die Verwaltung mit insgesamt über 30 Teams gegliedert. Die Abteilung „Organisation und Projekte“, der Bereich Helpdesk und Beratung, der Stab und die Verwaltung erfüllen dabei Querschnittsfunktionen. Einige Rollen, wie z.B. der IT-Sicherheitsbeauftragte und einzelne Projekte, wie die Campuscard Berlin, sind direkt an die CMS-Leitung angegliedert.
